سرطان ارثی چیست؟
ژن هایی که از پدر و مادر خود به ارث بردهایم، ممکن است در خطر ابتلا به انواع خاصی از سرطان مانند سرطان پستان ، تخمدان ، روده و پروستات نقش داشته باشد. حدود10 درصد از کل سرطانها ارثی می باشند. سرطانهای ارثی به دلیل تغییر وراثتی به نام “جهش” در ژنهای خاصی اتفاق میافتند که نقش این ژن ها محافظت بدن از ابتلا به سرطان های مختلف است. جهش ارثی خطر ابتلا به یک یا چند نوع سرطان را افزایش می دهد و می تواند از پدران و مادران به پسران یا دختران منتقل شود (عکس 1). یک متخصص ژنتیک با مشاوره صحیح و آزمایشات تخصصی ژنتیک می تواند به شما در درک این که آیا سرطان های خانواده شما ناشی از جهش ارثی است یا خیر، کمک کند.
تشخیص سرطانهای ارثی
مشاورین تخصصی ژنتیک سرطان می توانند اطلاعاتی در مورد آزمایشات ژنتیک، توارث و خطر بروز سرطان در خانواده شما اطلاعاتی ارائه دهند تا شما در مورد انجام آزمایش ژنتیک به یک تصمیم آگاهانه برسید.
یک مشاور ژنتیک:
- به شما در درک سرطان ارثی کمک می کند
- تاریخچه پزشکی خانواده شما را مرور میکند تا خطر ابتلا به سرطان را ارزیابی و توضیح دهد
- مزایا و محدودیت های آزمایش ژنتیکی را شرح میدهد و در مورد نوع آزمایش ژنتیک مناسب برای شما، بحث خواهد کرد
- اگر تصمیم به انجام آزمایش ژنتیک دارید ، آزمایش مناسب را تجویز میکند
- نتایج آزمایش ژنتیکی را برای شما و خانواده خود تفسیر میکند
- در مورد چگونگی مدیریت ریسک سرطان شما بحث کرده و برای مراقبت های بعدی به متخصصان ذیصلاح ارجاع میدهد
شما باید به مشاور ژنتیک مراجعه کنید اگر یکی از شرایط زیر را دارید:
- شما به سرطان سینه، تخمدان، روده، پروستات، پانکراس یا اندومتریال قبل از 50 سالگی مبتلا شده اید.
- همزمان به چند سرطان متفاوت مبتلا هستید.
- سابقه خاوادگی حد اقل دو مورد سرطان در خانواده (درجه یک، دو یا سه) دارید حتی اگر نوع سرطانها متفاوت هستند.
- نتیجه آزمایش یک یا چند نفر از بستگان برای جهش در یک ژن که با افزایش خطر سرطان همراه است، مثبت شده است.
نتیجه آزمایش ژنتیک نشان دهنده چیست؟
آزمایشات ژنتیکی مختلف به دنبال جهش در ژنهای مختلف هستند و جهشهای مختلف ژنها با احتمال ابتلا به سرطانهای مختلفی همراه است. معنی نتایج تست شما بستگی به این دارد که کدام تست برای شما تجویز شده است و اینکه آیا جهشی در هر یک از ژنهای شما پیدا شده است یا خیر. به همین دلیل صحبت کردن با یک متخصص ژنتیک قبل و بعد از آزمایش ژنتیک بسیار مهم است.
نتیجه مثبتِ آزمایش بدین معنی است که یک جهش ژن ارثی در یکی از ژن های شما یافت شد. خطر سرطان شما بستگی به جنسیت ، سن، سابقه خانوادگی و اینکه کدام ژن دارای جهش است، دارد.
نتیجه منفی آزمایش ژنتیکی بدین معنی است که هیچ جهشی در هیچ یک از ژنهای موجود در آزمایش شما یافت نشد. اگرچه این خبر خوبی است ، اما باید توجه داشت این به آن معنی نیست که ریسک ابتلا به سرطان در شما یا دیگر اعضای خانواده صفر است چرا که عوامل ایجاد سرطان به طور عمده محیط یا برهم کنش محیط و ژنتیک فرد می باشد.
آیا جواب آزمایش ژنتیک در پیشگیری و درمان سرطان هم موثر است؟
نتایج حاصل از تست ژنتیک می تواند بر روی پیشگیری، تشخیص و درمان این بیماری تاثیر گذارد. با انجام این تست افرادی که احتمال بالای بروز سرطان دارند، می توانند تصمیمات لازم جهت پیشگیری را اتخاذ کنند. علاوه بر این، چنانچه در افراد مبتلا هم جهش بیماری زا یافت شود، این اطلاعات می تواند به پزشک معالج در هدفمند کردن روند درمان کمک کند.
آزمایشهای ژنتیکی سرطان سینه
امروزه پزشکان دریافتند که بسیاری انواع سرطان مثل سرطان تخمدان و پستان به سابقۀ خانوادگی ربط دارند. آزمایشی وجود دارد که به افراد میگوید آیا در معرض خطرسرطانهای پستان، تخمدان یا انواع دیگر هستند یا نه. به هرحال، پیش از انجام آزمایش، عوامل بسیاری وجود دارد که باید به آنها توجه کرد.
چگونه ژنها بر خطر ابتلا به سرطان پستان تأثیر میگذارند؟
ژنها پایۀ برنامۀ عملکرد طبیعی بدن در همۀ موجودات زنده هستند. ژنها دوتایی هستند، یکی ازآنها از پدر و دیگری از مادر به شما به ارث میرسد. ژنها مشخص کننده عملکرد و رشد بدن شما کند، همانطور که رنگ مو و چشم شما را هم مشخص میکنند. گاهی ژنها به درستی عمل نمیکنند، چون اشتباهی در آنها رخ داده است. اگر خطایی در ژن وجود داشته باشد، میگویند که ژن جهشیافته و یا تغییر یافته است. وقتی ژن تغییر یافته در میان اعضای خانواده پخش شود به آن ژن جهش یافتۀ وراثتی میگویند. همۀ افراد شکل جهش یافتۀ برخی ژنها را دارند، ولی تنها ژنهای تغییر یافتۀ مشخصی خطر بیماریهایی مثل سرطان را افزایش میدهند. جهش ژنی در بسیاری از خانوادههایی که سابقۀ بیماری سرطان پستان دارند، مشاهده میشود.
آزمایش ژنتیکی برای تشخیص خطر بروز سرطان ارثی چیست؟
آزمایشهای ژنتیکی تست هایی هستند که به دنبال ژنهای تغییر یافتۀ وراثتی میگردند، که خطر ابتلا به سرطانهای معینی را در شما افزایش میدهند. این نوع آزمایشها نشان میدهند که آیا در یک خانواده خطر ابتلا به سرطان از ژنهایی که به آن ها به ارث رسیده است منتقل شده است یا خیر!
اگرچه آزمایشهای ژنتیک بسیار پیچیده است، ولی تنها به یک نمونۀ خون نیاز دارد. آزمایش بررسی خطر سرطان پستان و تخمدان، در مرحله اول شامل جستوجو برای ژنهای جهش یافتۀ BRCA-2 , BRCA-11 است. جستوجوی یک ژن جهش یافته گاه چندین هفته طول میکشد. بنابراین نتیجۀ آزمایش شما بلافاصله آماده نخواهد شد.
محدودیتهای این آزمایش چیست؟
جواب آزمایش سرطان پستان و تخمدان، منحصر به یک جواب سادۀ بله یا خیر نیست، اگر در آزمایش مشخص شود که در شما ژنی جهش یافته است، به این معناست که در معرض خطر ابتلا به سرطان هستید، ولی به شما نمیگوید که چه موقع مبتلا میشوید یا اصلاً مبتلا میشوید یا خیر. به هرحال بعد از انجام آزمایش و گرفتن جواب نیاز به مشورت با مشاورژنتیک سرطان و پزشک متخصص انکولوژی می باشد.
(Acute LymphobIastic Leukemia (ALL panel
Translocations
t(1;19)by RT-PCR
t(4;11)by RT-PCR
t(12;21)by RT-PCR (only for children)
t(9;22) BCR-ABL p210 by RT-PCR
t(9;22) BCR-ABL p190 by RT-PCR
t(1;14) (only for T-ALL) by RT-PCR
t(8;14)by FISH
t(8;22) by FISH
t(2;8)by FISH
t(v;11q23)MLL rearrangement by FISH
ALL-IKZF1 (IKAROS) deletion by Real-Time PCR & MLPA
CRLF2 Break-apart & p2RY8 deletion by FISH
iAMP21 by FISH
Gene Rearrangement Panel (Clonality tests)
lgH gene rearrangement by PCR
TCR-Y gene rearrangement by PCR
lgK gene rearrangement by PCR
TCR- ẟ gene rearrangement by PCR
Minimal Residual Diseases (MRD)
t(12;21) by quantitative RT-PCR
t(9;22) BCR-ABL p210 by RT-PCR
t(9;22) BCR-ABL p190 by RT-PCR
Prognostic markers
IgH MRD by PCR (Day 14 & end of induction)
FLT-3D835 Mutation by PCR & sequencing
FLT-3lTD Mutation by PCR
t(v;11q23) MLL rearrangement by FISH
(Acute Myeloid Leukemia (AML Panel
Translocations
t(15;17) or PML RARA by RT-PCR
PML/RARA t(15;17)(15q24/17q21) for AML-M3 by FISH
t(8;21) by RT-PCR
t(9;22) BCR-ABL p210 by RT- PCR
t(9;22) BCR-ABL p190 by RT-PCR
t(1;22) for AML-M7 by RT-PCR
t(16;16) by RT-PCR (for AML-M4 Eo)
lnv. 16 by RT-PCR (for AML-M4 Eo)
t(11;17) by RT-PCR
Prognostic Markers
FLT-3D835 Mutation by PCR and sequencing
FLT-3ITD Mutation by PCR
NPM1 Mutations by PCR & Sequencing (bidirectional)
CEBPA Mutation s by PCR & Sequencing (bidirectional)
MLL-rearrangement(11q23) by FISH
c-kit D816v mutation by PCR
ASXL1 Mutation by PCR
IDH1 Mutation by PCR & Sequencing
IDH2 Mutation by PCR & Sequencing
DNMT3A Mutation by PCR & Sequencing
(Acute Myeloid Leukemia (AML panel
Minimal Residual Diseases (MRD)
t(15;17) or PML RARA by quantitative Real-Time PCR
t(9;22)BCR -ABL p210 by RT-PCR
t(9;22)BCR-ABL p190 by RT-PCR
Acute leukemia of Ambiguous Lineage
Mixed Phenotype Acute leukemia (MPAL)
t(9;22) BCR-ABL p210 by RT-PCR
t(9;22) BCR-ABL p190 by RT-PCR
t(v;11q23) MLL rearrangement by FISH
(Myeloproliferative Neoplasm (MPN panel
t(9;22)BCR-ABL p210 by RT-PCR
t(9;22)BCR-ABL p190 by RT-PCR
t(9;22)BCR-ABL p230 by RT -PCR
JAk-2V617F (exon14) Mutation by Qualitative PCR for Polycythemia Vera (PV), Essential Thrombocythemia (ET), Primary MyeloFibrosis (PMF), etc.
Calreticulin Mutations by PCR & Sequencing (bidirectional) for JAK2 Negative ET & PMF.
MPL W515L Mutations by PCR
MPL W515K Mutations by PCR for ET & PMF
MPL S505N Mutations by PCR
JAk2 exon 12 Mutation Assay by PCR & Sequencing (bidirectional) for JAK2 Negative PV
ASXL1 Mutation by PCR
DNMT3A Mutation by PCR
lDH1 Mutation by PCR & Sequencing
lDH2 Mutation by PCR & Sequencing
CML panel
t(9;22)BCR-ABL p210 by RT-PCR (at diagnosis)
t(9;22)BCR-ABL p190 by RT-PCR (at diagnosis)
t(9;22)BCR-ABL p210 International Scale (lS) by quantitative Real-Time PCR (for MRD)
ABL1 kinase domain Mutations by RT-PCR & Sequencing (bidirectional) for Tyrosine kinase Inhibitor (TKI) resistance/Imatinib resistance
ABL1 Y253H Mutation by RT-PCR/PCR-RFLP (for complete TKI resistance)
ABL1 T315I Mutation by RT-PCR/PCR-RFLP (for complete TKI resistance)
ABL1 E255K Mutation by RT-PCR/PCR_RFLP (for complete TKI resistance)
Myeloid and Lymphoid Neoplasms associated with Eosinophilia
FIP1L1-PDGFRA by Qualitative RT-PCR
FIP1L1-PDGFRA by RT-PCR for exons9, 10, 11, 12 & 13
FIP1L1-PDGFRA by FISH
PDGFRB by FISH
FGFR1 by FISH
(Chronic Lymphoid Neoplasm (Lymphoproliferative disorders Panel
Hairy cell Leukemia
BRAF V600E Mutation by PCR
CLL
IgHV gene Mutation by PCR & bidirectional sequencing including 3 sets;
- lgHV-VH 1 & 2
- lgHV-VH 3 & 4
- lgHV-VH 5 & 6
ATM-TP11 for CLL prognosis by FISH
DLEU-LAMP-12CEN(13q14, 13q34, 12cen) for CLL prognosis by FISH
Plasma cell Myeloma (Multiple Myeloma)
t(4;14) by FISH
t(14;16) by FISH
t(14;20) by FISH
MALT lymphoma
t(11;18) AP12MALT1 by PCR
Burkett’s Lymphoma
t(8;14) c-MYC-IgH by FISH
t(8;22) c-MYC-IgL by FISH
t(2;8) IGK / c-MYC by FISH
IGK Break-apart by FISH
IGL Break-apart by FISH
Leukemia /Lymphoma Gene rearrangements panel
lgh gene rearrangement by PCR
TCR-Y gene rearrangement by PCR (two panels)
lgK gene rearrangement by PCR
TCR- ẟ gene rearrangement by PCR
Cancers & Solid Tumors
Prostate Cancer
Prostate cancer CTC (Circulating Tumor Cell) by enrichment Technique & Multiplex PCR
Breast cancer
Breast cancer CTC (Circulating Tumor cell) by enrichment Technique & Multiplex PCR
ERBB2 (HER2/NEU) amplification (17q17, 12cen) by FISH
Colorectal Cancers
Colorectal cancer CTC by enrichment Technique &Multiplex PCR
KRAS exon 2 codon 12 Mutations by PCR
KRAS exon 2 codon 13 Mutations by PCR
KRAS exon 3 codon 61 Mutations by PCR
BRAF-V600E Mutations by PCR
PIK3CA Mutation s by PCR
NRAS exon 2 codon 12 Mutation s by PCR
NRAS exon 2 codon 13 Mutation s by PCR
NRAS exon 3 codon 61 Mutation s by PCR
Lung cancers
EGFR Mutations:
- EGFR-exon 18 Mutation by PCR
- EGFR exon 19 Mutation by PCR
- EGFR exon 20 Mutation by PCR
- EGFR exon 21 Mutation by PCR
KRAS Mutations:
- KRAS exon 2 codon 12 Mutation s by PCR
- KRAS exon 2 codon 13 Mutation s by PCR
- KRAS exon 3 codon 61 Mutation s by PCr
ALK Mutations:
- EML4-ALK rearrangement by RT-PCR
- ALK rearrangement by FISH
Others
- C-MET(7q31) by FISH
- RET(10q11) by FISH
- ROS1-6q22 by FISH
Neuroblastoma
N-myc Amplification by Real-Time Quantitative PCR
N-myc Amplification by FISH
Ewing’s Sarcoma
t(11;22) EWS/FLI1
t(21;22)EWS/ERG
t(7;22)EWS/ETV1
t(17;22)EWS/E1AF
t(2;22)EWS/FEV
Rhabdomyosarcoma – Alveolar type
t(2;13)PAX3-FKHR by RT-PCR
t(1;13)PAX7-FKHR by RT-PCR
Synovial sarcoma
t(X;18) by RT-PCR
- SYT-SSX1
- SYT-SSX2
- SYT-SSX4
Thyroid Cancer
RET/PTC1 for papillary thyroid carcinoma
RET/PTC3 for papillary thyroid carcinoma
PAX8/PPARG for follicular thyroid carcinoma
BRAF V600E Mutation for papillary thyroid carcinoma
KRAS Mutation (codons 12, 13 & 61) for diff. DX of follicular Neoplasm from PTC
NRAS Mutation (codons 12, 13 & 61) for diff. DX of follicular Neoplasm from PTC
Pharmacogenetics
Warfarin Genotyping
CYP2C9 genotyping (Warfarin) (*1/*2/*3) by PCR
VKORC1 genotyping (Warfarin) (G/A) by PCR
PIavix resistance
CYP2C19 (PIavix) (*1/*2/*3) by PCR
Colorectal cancers
KRAS Mutations (codon 12, 13 & 61) by PCR
NRAS (Exon 2/3/4) Mutations by PCR
BRAF-V600E Mutation by PCR
Lung cancers
EGFR exon 18 Mutations by PCR (3Mutations)
EGFR exon 19 Mutations by PCR (10 Mutations)
KRAS exon 2 codon 12 Mutation s by PCR by PCR
KRAS exon 2 codon 13Mutation s by PCR by PCR
KRAS exon 3 codon 61 Mutation s by PCR by PCR
ALK Mutation by PCR
Metastatic Melanoma (Vemurafenib)
BRAF-V600E Mutation by PCR
CML TKI resistance
ABL1 kinase domain Mutations by RT-PCR & Sequencing (bidirectional) for Tyrosine kinase Inhibitor (TKI) resistance/Imatinib resistance
ABL1 Y253H Mutation by RT-PCR/PCR-RFLP (for complete TKI resistance)
ABL1 T315I Mutation by RT-PCR/PCR-RFLP (for complete TKI resistance)
ABL1 E255K Mutation by RT-PCR/PCR_RFLP (for complete TKI resistance)
DPYD [IVS] 14+1 G > A
Toxicity to 5-FU (5-fluorourecil)
TPMT
Toxicity to thiopurine methyItransferase
Hemochromatosis
HFE gene Mutations by PCR-RFLP (H63D Mutation)
HFE gene Mutations by PCR- RFLP (C282Y Mutation)
(Comprehensive Pharmacogenetics panel (>50 gene by NGS
Personalized Medicine Panels
BRAF mutations
EGFR mutations (Exons 18, 19, 20 and 21)
KRAS mutations (Exons 2, 3 & 4)
NRAS mutations (Exons 2, 3 & 4)
DPYD polymorphisms (3 polymorphisms)
Chromosomal translocations of ALK, ROS1, RET and MET
UGT1A1 polymorphisms (4 polymorphisms)
Thyroid cancer panel (Hotspot mutations of KRAS, NRAS, HRAS and BRAF)
Thyroid fusion cancer panel (Fusions of RET/PTC1: CCDC6-RET; RET/PTC2:
PRKAR1A-RET; RET/PTC3: NCOA4-RET and PAX8/PPARG)
MSI markers for colon cancer
NTRK fusions panel (main fusions of NTRK1, NTRK2 and NTRK3)
PIK3CA hotspot mutations
Transplantation
HLA CIass I PCR (A, B & C)
HLA CIass II PCR (DR)
