اساس روش تعیین هویت مبتنی بر مشخص کردن وضعیت ژنتیکی یک فرد و مقایسه آن با فرد دیگر و یا نمونه به جا مانده از صحنه جرم و… می‌باشد. ژنوم هسته به صورت مساوی، از پدر و مادر به فرزند به ارث میرسد. در اکثر موارد از چند شکلی های خاصی موسوم به STR (Short Tandem Repeat) استفاده می‌شود که هر فرد تعداد زیادی از این چند شکلی ها در ژنوم خود دارد، هر چند شکلی به صورت جفت وجود دارد و در وافع یکی را از پدر و یکی را از مادر به ارث برده است.
مجموع چند شکلی ها برای هر فرد کاملا اختصاصی بوده و به اصطلاح پروفایل ژنتیکی یا انگشت نگاری ژنتیکی نامیده می‌شود و احتمال شباهت انگشت نگاری ژنتیکی دو نفر به طور تصادفی کمتر از 1 در یک میلیون میلیارد نفر می‌باشد. به غیر از دوقلو های همسان که کاملا شبیه است، بنابراین برای تشخیص آن‌ها باید از روشهای دیگر ژنتیکی استفاده شود.
روش دیگر استفاده از میتوکندری می‌باشد. در این روش می‌توان قرابت از طرف مادر یا زنان فامیل را مشخص کرد. میتوکندری اندامک داخل سلولی است که دارای ماده ژنتیکی می‌باشد ولی ماده ژنتیکی آن از مادر به فرزندان به ارث میرسد. پس اگر افراد دارای مادر مشترک یا جد مادری مشترک باشند، دارای علایم یکسانی بر روی میتوکندری خود خواهند بود.
روش دیگر استفاده از STR های کروموزوم Y می‌باشد. کروموزوم Y در مردان وجود دارد و فقط از پدر به پسران منتقل می‌شود. لذا از این روش می‌توان قرابت افراد ذکور یا مردان خانواده را مشخص کرد. مثلا رابطه عموزادگی و امثالهم.
در مرکز ژنتیک پزشکی کاریوژن کلیه این روش‌ها ارائه می‌گردد.
تذکر : لازم به ذکر است که این آزمایش به در خواست شخصی قابل انجام است اما گواهی این مرکز صرفا جهت اطلاع خانواده صادر می‌شود و چنانچه خانواده نیاز به گواهی رسمی و قانونی دارند لازم است از طریق دادگاه به سازمان پزشکی قانونی و یا دیگر مراجع قانونی معرفی شوند تا آزمایشات فوق انجام و رسماً به دادگاه اعلام شود.